и редактирование их наложений осуществляются

Редактирование прозрачности слоев и редактирование их наложений осуществляются несколькими способами:

регулировка параметра Opacity (Непрозрачность) в окне Timeline (Монтаж) для определения степени прозрачности слоя, как единого целого;
настройка для слоя композиции After Effects своего собственного альфа-канала при помощи рисования масок слоев соответствующими инструментами;
определение в качестве канала прозрачности слоя другого слоя композиции, называемого маскирующим;
выбор режима прозрачности слоя при помощи столбца Modes (Режимы) окна Timeline (Монтаж);
настройка одного из эффектов прозрачного наложения;
использование альфа-канала самого исходного файла.